Le guide « Santé et dérives sectaires », publié en 2012 par la Mission interministérielle de vigilance et de lutte contre les dérives sectaires (Miviludes) avec la Documentation française, consacre une fiche à la nutrition comme situation à risque : il documente le recours à des pratiques de « détoxination » (jeûnes modifiés, mono-diètes) comme facteur possible d'emprise, et cite notamment la condamnation, en juin 2005 par la cour d'assises de Quimper, de parents ayant imposé à leur nourrisson un régime alimentaire fortement carencé — présenté par les parents comme fondé sur la kinésiologie et sur des « lois biologiques » relevant d'un courant de médecine non conventionnelle — ayant contribué à son décès par malnutrition. Le terme « nutrithérapie » n'apparaît pas nommément dans ce guide, qui vise plus largement les pratiques de nutrition à risque ; cette absence de mention nominative est signalée ici plutôt que comblée par une extrapolation.
L'Agence nationale de sécurité sanitaire (ANSES), qui assure la nutrivigilance des compléments alimentaires, a recensé dans ses rapports 2023 et 2024 plusieurs centaines de signalements d'effets indésirables par an, dont des cas graves (troubles hépatiques, cardiaques) associés à certains ingrédients (monacoline K de la levure de riz rouge, curcumine à forte dose, p-synéphrine). Sur son site grand public, l'agence rappelle que pour une personne en bonne santé et sans carence documentée, les compléments alimentaires ne sont généralement pas nécessaires, tout en reconnaissant l'utilité d'une supplémentation ciblée dans des situations précises (vitamine B12 chez les personnes véganes, vitamine D chez le nourrisson, vitamine B9 en cas de désir de grossesse). L'Académie nationale de médecine, dans un communiqué de juillet 2022, recommande une utilisation « avec discernement » des compléments alimentaires, en particulier chez les populations fragiles (personnes âgées, enfants, femmes enceintes), et alerte sur le risque d'interactions avec des traitements médicamenteux.
La nutrithérapie, comme toute pratique de soins non conventionnelle, ne remplace pas un avis médical : en cas de symptôme, de maladie diagnostiquée ou avant toute modification importante de son alimentation ou toute prise de compléments, il est recommandé de consulter un médecin.