Une partie des praticiens rattachés à cette spécialité sur Paralib proposent des stages ou séjours de jeûne. Un rapport d'expertise collective de l'Inserm, réalisé en 2014 à la demande de la Direction générale de la santé sur l'efficacité du jeûne à visée préventive ou thérapeutique, conclut qu'« aucune donnée clinique reposant sur des essais méthodologiques rigoureux ne peut étayer aujourd'hui le bien-fondé de cette piste » ; il précise toutefois que « si la pratique du jeûne encadré médicalement semble globalement peu dangereuse, des risques réels existent dans des contextes différents et la plus grande prudence est alors de mise ».
La Miviludes (mission interministérielle de vigilance et de lutte contre les dérives sectaires) consacre une section de son rapport d'activité 2022-2024 aux « dangers du jeûne ». Elle y relève que certaines dérives de la naturopathie reposent sur l'idée, non prouvée scientifiquement, que le jeûne serait en lui-même un facteur de prévention de toutes les maladies, et signale une augmentation et une diversification des offres de stages, parfois onéreux (jusqu'à 2 000 € la semaine), organisés en milieu isolé. Elle identifie comme l'une des tendances les plus dangereuses l'association d'un jeûne poussé à l'extrême et d'une pratique sportive intensive (mouvement « jeûne et randonnée »), et rapporte des décès survenus lors de stages de jeûne infligés à des personnes déjà malades ou affaiblies, signalés à l'autorité judiciaire. Sur le plan médical, la Miviludes rappelle, en citant une fiche de l'Inserm relayée par le ministère de la Santé, que le risque le plus grave associé au jeûne est la survenue de troubles du rythme cardiaque pouvant conduire au décès, et qu'au-delà de deux semaines il peut provoquer des anémies, des atteintes hépatiques et une dégradation osseuse ; les risques sont accrus chez les femmes enceintes ou allaitantes, les enfants et adolescents, les personnes âgées et les sportifs. Un jeûne important, complet ou avec un apport calorique journalier inférieur à 300 kcal, ne devrait être entrepris que sous contrôle médical.